Hệ thống lưu thông gió trong máy ấp trứng là một vấn đề quan trọng,ảnh hưởng rất lớn đến việc ổn định nhiệt độ, độ ẩm, lưu lượng không khí...Máy ấp trứng hiện đại phải có hệ thống lưu thông gió ổn định, bảo đảm lưu lượng không khí cung cấp đầy đủ cho phôi phát triển một cách tốt nhất, hệ thống lưu thông gió tối thiểu phải có quạt gió, cửa hút xả khí...